A Academia Paulista de Contabilidade conta com 5 (cinco) departamentos compostos por membros escolhidos entre os Acadêmicos, tendo um coordenador e um relator escolhidos entre seus pares. São eles:

1) Departamento de Estudo da Doutrina com a finalidade de estudar as Teorias Contábeis, produzindo comunicações escritas sobre as conclusões desses estudos.

2) Departamento de Educação com a finalidade de analisar os currículos e conteúdos ensinados nas Instituições de Ensino de Ciências Contábeis e propor modificações objetivando o aprimoramento da qualidade de Ensino.

3) Departamento de Publicações com a finalidade de editar publicações técnicas produzidas pelos Acadêmicos e/ou Trabalhos Científicos de interesse da Academia sobre Ciências Contábeis.

4) Departamento de Intercâmbio Cultural com a finalidade de promover intercâmbios com as Academias, congêneres, Instituições, Associações de Classe através de Eventos e Seminários para valorizar os Profissionais das Ciências Contábeis.

5) Departamento de Consultoria Técnica e Científica com a finalidade de estudar e analisar os questionamentos sobre temas ligados às Ciências Contábeis e propor as soluções técnicas a fim de solucionar dúvidas a ele dirigidas.